中国电子口岸数据中心（简称“数据中心”）于2001年5月 18日经中央机构编制委员会办公室批准成立，系海关总署具有独立法人资格的直属事业单位，主要负责国家“十五”科技攻关项目“金关工程”——中国电子口岸的项目开发、运行维护和客户服务工作，并配合地方政府实施地方电子口岸建设，内设办公室、技术管理处、项目管理处、项目应用处、系统运行处、信息安全处、客服管理处、设备管理处、财务处、人事处10个处室，现有员工400人。
 　　为促进电子口岸项目在全国顺利推广、保证各项业务正常运行，2002年10月，经中编办批准，数据中心在41个直属海关所在地设立数据分中心，承办本地区电子口岸用户卡的制作，向本地用户提供技术支持和咨询、培训等服务。数据分中心是各直属海关的直属事业单位，实行直属海关和数据中心双重领导的管理体制。为促进电子口岸工作协调和统筹管理，数据中心按照行政区划，将全国41个分中心划分为东北、西北、华东、华北、华南、西南6大工作区。
 　　成立十年来，数据中心在国务院领导的殷切关怀下，在海关总署党组的正确领导下，在社会各界的支持帮助下，坚持“以服务为宗旨，以促进为目的，以需求为导向，以合作促发展”的建设思路，不断强化内部管理和基础建设，打造了一支业务精良、技术过硬的信息化建设队伍；着力提升服务保障能力，全心全意服务于国家宏观经济、海关建设、电子口岸共建部门和广大进出口企业；狠抓运行维护安全管理，实现了信息系统和执法数据的高效安全运转；深入推进电子口岸建设，实现了电子口岸的跨越式发展。截至2010年，电子口岸已经实现了与国务院13个部门和香港工贸署、澳门经济局等单位，以及14家商业银行的信息共享和互联互通，在线运行项目达到65个，入网企业超过55万家，日均登录电子口岸办理业务的企业达15万家，日处理电子单证数量140万笔，门户网站日点击率超过560万次，有35个地方电子口岸平台在线运行，在为政府部门之间信息共享、提高效率、加强监管和为企业提供贸易便利、加快通关速度、减低贸易成本等方面发挥着日益重要的作用，赢得了社会各界的广泛关注和普遍好评。